大十三座 小一百卌二座
滋賀郡 八座【大三座 小五座。】
- 那波加神社
- 那波加神社（滋賀県大津市苗鹿）
- 那波加荒魂神社（滋賀県大津市苗鹿）
- 倭神社
- 倭神社（滋賀県大津市坂本）
- 倭神社（滋賀県大津市滋賀里）
- 石坐神社
- 石坐神社（滋賀県大津市西の庄）
- 神田神社
- 神田神社（滋賀県大津市真野）
- 神田神社（滋賀県大津市真野普門）
- 小野神社 二座【名神大。】
- 小野神社（滋賀県大津市小野）
- 小野道風神社（滋賀県大津市小野）
- 天皇神社（滋賀県大津市和邇中）
- 日吉神社【名神大。】
- 日吉大社（滋賀県大津市坂本）
- 小椋神社
- 小椋神社（滋賀県大津市仰木町）
栗太郡 八座【大二座 小六座。】
- 蘆井神社
- 五百井神社（滋賀県栗東市下戸山）
- 意布伎神社
- 追来神社（大宝神社境内社）（滋賀県栗東市綣）
- 惣社神社（滋賀県草津市志那中町）
- 志那神社（滋賀県草津市志那町）
- 三大神社（滋賀県草津市志那中町）
- 小槻大社
- 小槻大社（滋賀県栗東市下戸山）
- 小槻神社
- 小槻神社（滋賀県草津市青地町）
- 高野神社
- 高野神社（滋賀県栗東市高野）
- 印岐志呂神社
- 印岐志呂神社（滋賀県草津市片岡町）
- 佐久奈度神社【名神大。】
- 佐久奈度神社（滋賀県大津市大石中）
- 建部神社【名神大。】
- 建部大社（滋賀県大津市神領）
甲賀郡 八座【大二座 小六座。】
- 矢川神社
- 矢川神社（滋賀県甲賀市甲南町森尻）
- 水口神社
- 水口神社（滋賀県甲賀市水口町宮の前）
- 石部鹿鹽上神社
- 吉姫神社（滋賀県湖南市石部東）
- 吉御子神社（滋賀県湖南市石部西）
- 柏木神社（滋賀県甲賀市水口町北脇）
- 川田神社 二座【並名神大。月次新嘗。】
- 川田神社（滋賀県甲賀市水口町北内貴）
- 川田神社（滋賀県甲賀市土山町頓宮）
- 川田神社（滋賀県湖南市正福寺）
- 飯道神社
- 飯道神社（滋賀県甲賀市信楽町宮町）
- 飯道神社（滋賀県湖南市針）
- 川枯神社 二座
- 八坂神社（滋賀県甲賀市水口町嶬峨）
- 油日神社（滋賀県甲賀市甲賀町油日）
野洲郡 九座【大二座 小七座。】
- 御上神社【名神大。月次新嘗。】
- 御上神社（滋賀県野洲市三上）
- 小津神社
- 小津神社（滋賀県守山市杉江町）
- 下新川神社
- 下新川神社（滋賀県守山市幸津川町）
- 兵主神社【名神大。】
- 兵主大社（滋賀県野洲市五条）
- 比利多神社
- 浅殿神社（滋賀県野洲市比留田）
- 比利多神社（二之宮神社境内社）（滋賀県野洲市西河原）
- 上新川神社
- 新川神社（滋賀県野洲市野洲）
- 新川神社（滋賀県守山市立入町）
- 馬路石邊神社
- 馬路石邊神社（滋賀県守山市吉身）
- 己爾乃神社 二座
- 己爾乃神社（上社）（滋賀県守山市洲本町）
- 己爾乃神社（下社）（滋賀県守山市洲本町）
蒲生郡 一十一座【大一座 小十座。】
- 大嶋神社
- 大嶋奥津嶋神社（滋賀県近江八幡市北津田町）
- 奧石神社
- 奥石神社（滋賀県近江八幡市安土町東老蘇）
- 石部神社
- 石部神社（滋賀県蒲生郡竜王町七里）
- 石部神社（滋賀県近江八幡市安土町下豊浦）
- 大屋神社
- 大屋神社（滋賀県蒲生郡日野町杉）
- 比都佐神社
- 比都佐神社（滋賀県蒲生郡日野町十禅師）
- 長寸神社
- 長寸神社（滋賀県蒲生郡日野町中之郷）
- 苗村神社（滋賀県蒲生郡竜王町綾戸）
- 沙沙貴神社
- 沙沙貴神社（滋賀県近江八幡市安土町常楽寺）
- 菅田神社
- 菅田神社（滋賀県近江八幡市中小森町）
- 竹田神社（滋賀県東近江市鋳物師町）
- 馬見岡神社 二座
- 馬見岡神社（滋賀県近江八幡市馬淵町）
- 馬見岡綿向神社（滋賀県蒲生郡日野町村井）
- 奧津嶋神社【名神大。】
- 大嶋奥津嶋神社（滋賀県近江八幡市北津田町）
- 奥津嶋神社（滋賀県近江八幡市沖島町）
神崎郡 二座【並小。】
- 乎加神社
- 乎加神社（滋賀県東近江市神郷町）
- 川桁神社
- 河桁御河辺神社（滋賀県東近江市神田町）
- 大瀧神社（滋賀県犬上郡多賀町富之尾）
- 河瀬神社（滋賀県彦根市川瀬馬場町）
- 小幡神社（滋賀県東近江市五個荘中町）
- 川桁神社（滋賀県彦根市甲崎町）
- 河脇神社（滋賀県愛知郡愛荘町中宿）
愛智郡 三座【並小。】
- 輕野神社
- 軽野神社（滋賀県愛知郡愛荘町蚊野）
- 軽野神社（滋賀県愛知郡愛荘町岩倉）
- 石部神社 二座
- 石部神社（滋賀県愛知郡愛荘町沓掛）
犬上郡 七座【並小。】
- 阿自岐神社 二座
- 阿自岐神社（滋賀県犬上郡豊郷町安食西）
- 多何神社 二座
- 多賀大社（滋賀県犬上郡多賀町多賀）
- 日向神社
- 日向神社（多賀大社境内社）（滋賀県犬上郡多賀町多賀）
- 都惠神社
- 都惠神社（滋賀県彦根市竹ヶ鼻町）
- 千代神社（滋賀県彦根市京町）
- 山田神社
- 山田神社（滋賀県彦根市野田山町）
坂田郡 五座【並小。】
- 山田神社
- 山田神社（滋賀県彦根市宮田町）
- 日撫神社
- 日撫神社（滋賀県米原市顔戸）
- 伊夫伎神社
- 伊夫岐神社（滋賀県米原市伊吹）
- 岡神社
- 坂田宮岡神社（滋賀県米原市宇賀野）
- 岡神社（滋賀県米原市間田）
- 長岡神社（滋賀県米原市長岡）
- 彦根神社（滋賀県彦根市後三条町）
- 山津照神社
- 山津照神社（滋賀県米原市能登瀬）
- 青木神社（滋賀県米原市能登瀬）
淺井郡 一十四座【並小。】
- 鹽津神社
- 鹽津神社（滋賀県長浜市西浅井町塩津浜）
- 香取神社（滋賀県長浜市西浅井町塩津中）
- 香取五神社（滋賀県長浜市西浅井町祝山）
- 湯次神社
- 湯次神社（滋賀県長浜市大路）
- 湯次神社（滋賀県長浜市湯次町）
- 波久奴神社
- 波久奴神社（滋賀県長浜市高畑町）
- 小江神社
- 小江神社（滋賀県長浜市湖北町尾上）
- 小江神社（滋賀県長浜市湖北東尾上町）
- 小江神社（滋賀県長浜市湖北町海老江）
- 下鹽津神社
- 下塩津神社（滋賀県長浜市西浅井町集福寺）
- 矢合神社
- 矢合神社（滋賀県長浜市中野町）
- 矢合神社（滋賀県長浜市西浅井町岩熊）
- 八幡神社（滋賀県長浜市八島町）
- 岡本神社
- 岡本神社（滋賀県長浜市小谷丁野町）
- 五社神社（滋賀県長浜市早崎町）
- 鹿嶋神社（滋賀県長浜市湖北町留目）
- 岡高神社（滋賀県長浜市北ノ郷町）
- 片山神社 二座
- 片山神社（滋賀県長浜市高月町片山）
- 比伎多理神社
- 比伎多理神社（滋賀県長浜市湖北町今西）
- 南浜神社（滋賀県長浜市南浜町）
- 平野神社（滋賀県長浜市尊勝寺町）
- 鹿嶋神社（滋賀県長浜市湖北町留目）
- 麻蘇多神社
- 麻蘇多神社（滋賀県長浜市益田町）
- 上許曾神社
- 上許曾神社（滋賀県長浜市高山町）
- 川道神社（滋賀県長浜市川道町）
- 大羽神社
- 日吉神社（滋賀県長浜市大浜町）
- 大羽神社（滋賀県長浜市酢）
- 都久夫須麻神社
- 都久夫須麻神社（滋賀県長浜市早崎町）
伊香郡 卌六座【大一座 小卌五座。】
- 伊香具神社【名神大。】
- 伊香具神社（滋賀県長浜市木之本町大音）
- 乃彌神社
- 【乎彌神社に合祀】（滋賀県長浜市余呉町下余呉）
- 神前神社
- 神前神社（滋賀県長浜市木之本町石道）
- 大澤神社
- 大澤神社（滋賀県長浜市木之本町黒田）
- 天八百列神社
- 天八百列神社（滋賀県長浜市高月町熊野）
- 乎彌神社
- 大見神社（滋賀県長浜市木之本町大見）
- 春日神社（滋賀県長浜市高月町宇根）
- 乎彌神社（滋賀県長浜市余呉町下余呉）
- 走落神社
- 走落神社（滋賀県長浜市高月町馬上）
- 足前神社
- 足前神社（北野神社境内社）（滋賀県長浜市余呉町文室）
- 久留彌多神社
- 【賣比多神社に合祀】（滋賀県長浜市高月町東柳野）
- 比賣多神社
- 賣比多神社（滋賀県長浜市高月町東柳野）
- 意波閇神社
- 意波閇神社（滋賀県長浜市高月町西阿閉）
- 意波閇神社（滋賀県長浜市余呉町坂口）
- 阿加穗神社
- 阿加穂神社（滋賀県長浜市木之本町赤尾）
- 櫻市神社
- 廃絶？
- 等波神社
- 等波神社（滋賀県長浜市木之本町田部）
- 橫山神社
- 横山神社（滋賀県長浜市木之本町杉野）
- 横山神社（滋賀県長浜市高月町横山）
- 多太神社
- 廃絶？
- 春日神社（跡）（滋賀県長浜市余呉町小原）
- 乃伎多神社（滋賀県長浜市高月町東物部）
- 兵主神社
- 兵主神社（滋賀県長浜市高月町横山）
- 兵主神社（滋賀県長浜市湖北高田町）
- 赤見神社
- 赤見神社（滋賀県長浜市高月町磯野）
- 波彌神社
- 【八幡神社に合祀】（滋賀県長浜市木之本町飯浦）
- 櫻椅神社
- 櫻椅神社（滋賀県長浜市高月町東高田）
- 甘櫟前神社
- 甘櫟前神社（滋賀県長浜市高月町西阿閉）
- 佐味神社
- 佐味神社（滋賀県長浜市余呉町今市）
- 佐味神社（滋賀県長浜市高月町柏原）
- 椿神社
- 椿神社（滋賀県長浜市木之本町小山）
- 【八幡神社に合祀】（滋賀県長浜市余呉町椿坂）
- 佐波加刀神社
- 佐波加刀神社（滋賀県長浜市木之本町川合）
- 伊香具坂神社
- 伊香具坂神社（滋賀県長浜市木之本町古橋）
- 伊香具坂神社（八幡神社境内社）（滋賀県長浜市高月町柏原）
- 伊香具坂神社（滋賀県長浜市木之本町北布施）
- 與志漏神社
- 與志漏神社（滋賀県長浜市木之本町古橋）
- 布勢立石神社
- 布勢立石神社（滋賀県長浜市木之本町赤尾）
- 乃伎多神社
- 乃伎多神社（滋賀県長浜市高月町東阿閉）
- 乃伎多神社（滋賀県長浜市高月町東物部）
- 石作神社
- 石作玉作神社（滋賀県長浜市木之本町千田）
- 玉作神社
- 石作玉作神社（滋賀県長浜市木之本町千田）
- 意富布良神社
- 意富布良神社（滋賀県長浜市木之本町木之本）
- 意富布良神社（走落神社境内社）（滋賀県長浜市高月町馬上）
- 伊波太岐神社
- 伊波太岐神社（滋賀県長浜市木之本町古橋）
- 高野神社
- 高野神社（滋賀県長浜市高月町高野）
- 鈆練日古神社
- 鉛練比古神社（滋賀県長浜市余呉町中之郷）
- 大椋神社
- 廃絶？
- 黑田神社
- 黒田神社（滋賀県長浜市木之本町黒田）
- 丹生神社 二座
- 丹生神社（滋賀県長浜市余呉町上丹生）
- 丹生神社（滋賀県長浜市余呉町下丹生）
- 神高槻神社
- 神高槻神社（滋賀県長浜市高月町高月）
- 天岩門別命神社
- 森本神社（滋賀県長浜市高月町森本）
- 天比比岐命神社
- 天比比岐命神社（滋賀県長浜市高月町高野）
- 草岡神社
- 草岡神社（滋賀県長浜市余呉町国安）
- 意太神社
- 意太神社（滋賀県長浜市木之本町大音）
- 大浴神社
- 大浴神社（大水別神社境内社）（滋賀県長浜市余呉町池原）
- 大浴神社（滋賀県長浜市高月町重則）
- 八幡神社（滋賀県長浜市高月町西柳野）
- 太水別神社
- 大水別神社（滋賀県長浜市余呉町池原）
- 水分神社（滋賀県長浜市木之本町川合）
- 大表神社（滋賀県長浜市高月町柳野中）
- 鉛練比古神社奥宮（滋賀県長浜市余呉町中之郷）
- 天川命神社
- 天川命神社（滋賀県長浜市高月町雨森）
- 北野神社（滋賀県長浜市余呉町文室）
高嶋郡 卅四座【大二座 小卅二座。】
- 水尾神社 二座【並名神大。月次新嘗。】
- 水尾神社（滋賀県高島市拝戸）
- 阿志都彌神社
- 阿志都彌神社・行過天満宮（滋賀県高島市今津町弘川）
- 阿志都彌神社（滋賀県高島市安曇川町川島）
- 與呂伎神社
- 與呂伎神社（滋賀県高島市安曇川町青柳）
- 日吉神社（滋賀県高島市安曇川町西万木）
- 今宮神社（滋賀県高島市安曇川町西万木）
- 田部神社
- 田部神社（津野神社境内社）（滋賀県高島市今津町北仰）
- 佐田神社（滋賀県高島市安曇川町田中）
- 熊野神社
- 熊野神社（滋賀県高島市今津町藺生）
- 熊野神社（波爾布神社境内社）（滋賀県高島市新旭町饗庭）
- 熊野神社（滋賀県高島市安曇川町上古賀）
- 箕嶋神社
- 箕島神社（滋賀県高島市安曇川町三尾里）
- 大川神社
- 川裾宮唐崎神社（滋賀県高島市マキノ町知内）
- 大川神社（唐崎神社境内社）（滋賀県高島市マキノ町知内）
- 大川神社（日吉神社境内社）（滋賀県高島市朽木中牧）
- 小野神社
- 小野神社（海津天神社境内社）（滋賀県高島市マキノ町海津）
- 小野神社（市杵島神社境内社）（滋賀県高島市朽木大野）
- 麻知神社
- 【日枝神社に合祀】（滋賀県高島市マキノ町蛭口）
- 五社神社（滋賀県高島市今津町福岡）
- 櫟原神社
- 櫟原神社（滋賀県高島市今津町桂）
- 櫟神社（滋賀県高島市安曇川町南古賀）
- 大田神社
- 大田神社（滋賀県高島市新旭町太田）
- 太田神社（滋賀県高島市安曇川町青柳）
- 海津天神社（滋賀県高島市マキノ町海津）
- 鞆結神社
- 大荒比古鞆結神社（滋賀県高島市マキノ町浦）
- 八幡神社（滋賀県高島市マキノ町石庭）
- 八幡神社（若宮神社境内社）（滋賀県高島市武曽横山）
- 日置神社
- 日置神社（滋賀県高島市今津町酒波）
- 酒波神社（大處神社境内社）（滋賀県高島市マキノ町森西）
- 津野神社
- 津野神社（滋賀県高島市今津町北仰）
- 津野神社（滋賀県高島市今津町角川）
- 大荒比古神社 二座
- 大荒比古鞆結神社（滋賀県高島市マキノ町浦）
- 大荒比古神社（滋賀県高島市新旭町安井川）
- 大前神社
- 大前神社（滋賀県高島市マキノ町海津）
- 坂本神社
- 坂本神社（滋賀県高島市マキノ町上開田）
- 大處神社
- 大處神社（滋賀県高島市マキノ町森西）
- 麻希神社
- 山神社（滋賀県高島市マキノ町牧野）
- 弓削神社
- 弓削神社（滋賀県高島市今津町梅原）
- 志呂志神社
- 志呂志神社（滋賀県高島市鴨）
- 波爾布神社
- 波邇布神社（滋賀県高島市新旭町饗庭）
- 大水別神社
- 日枝大水別神社（滋賀県高島市今津町今津）
- 與呂伎神社（滋賀県高島市安曇川町青柳）
- 大野神社
- 日吉神社（滋賀県高島市マキノ町大沼）
- 日枝大水別神社（滋賀県高島市今津町今津）
- 大野神社（市杵島神社境内社）（滋賀県高島市朽木大野）
- 大鍬神社（海津天神社境内社）（滋賀県高島市マキノ町海津）
- 小海神社
- 小海神社（滋賀県高島市今津町南新保）
- 白山神社（阿志都彌神社境内社）（滋賀県高島市今津町弘川）
- 日枝神社（滋賀県高島市マキノ町中庄）
- 大寸神社
- 森神社（滋賀県高島市新旭町旭）
- 荒椋神社
- 廃絶？
- 三重生神社 二座
- 三重生神社（滋賀県高島市安曇川町常磐木）
- 槻神社
- 廃絶？
- 長田神社
- 長田神社（滋賀県高島市永田）
- 宇伎多神社
- 宇伎多神社（滋賀県高島市野田）
- 稲荷神社（滋賀県高島市安曇川町田中）
- 横林神社（滋賀県高島市武曽横山）